Podatnicy składając deklarację VAT za grudzień 2008 r. oraz za czwarty kwartał 2008 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym mogli otrzymać już na nowych korzystniejszych zasadach.

Wcześniej podstawowy termin zwrotu wynosił aż 180 dni. Został on jednak na korzyść podatników znacznie skrócony. Od dnia 1 grudnia 2008 r. wskutek nowelizacji przepisu art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, termin oczekiwania na zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym uległ skróceniu ze 180 dni do 60 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia. Nie ma już zatem znaczenia ani rodzaj dokonywanych zakupów (towary handlowe czy środki trwałe), ani też stawka podatkowa sprzedawanych towarów i usług. W każdym przypadku podstawowy termin zwrotu wynosi 60 dni od dnia złożenia rozliczenia. Warto także podkreślić, że 60-dniowy termin zwrot u dotyczy obecnie również tych podatników, którzy dokonują dostawy towarów lub świadczą usługi poza terytorium kraju i nie dokonują sprzedaży opodatkowanej. W tym jednak przypadku warunkiem otrzymania zwrot u w terminie 60 dni jest złożenie umotywowanego wniosku. Obecnie podatnik również będzie miał możliwość otrzymania zwrotu w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia, niezależnie od tego, jakiego rodzaju zakupów dokonuje. Zwrot w tak krótkim terminie jest możliwy jeżeli opłacone zostały wszystkie faktury ujęte w deklaracji i podatnik wraz z deklaracją podatkową złoży stosowny wniosek o szybszy zwrot.

Ustawodawca od ogólnej zasady wprowadził wprawdzie wyjątki, które pozwalają na przedłużenie terminu zwrotu. Dotyczy to sytuacji, kiedy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania rozliczeń. Wówczas naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć termin zwrotu do czasu zakończenia czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej.

Podatnik jednak nawet w takim przypadku nie musi długo czekać na zwrot. Bowiem wprowadzona przez ustawodawcę instytucja zabezpieczenia pozwala na otrzymanie zwrotu w terminie zbliżonym do tego, który wyznaczają zasady ogólne.

Istotne zmiany wprowadzono dla firm, które nie wykonują czynności opodatkowanych, a chciałyby odzyskać nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym. Dotychczas nie było to możliwe. W takim przypadku bowiem podatnik powstałą nadwyżkę mógł wykazać jedynie do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Teraz natomiast może dokonać wyboru albo jak to było dotychczas, przenieść nadwyżkę podatku naliczonego do rozliczenia na następny okres rozliczeniowy bądź też wykazać kwotę do zwrotu na rachunek bankowy.

Należy zauważyć, że ustawodawca daje wprawdzie podatnikom, którzy nie wykonują czynności opodatkowanych, możliwość zwrotu podatku naliczonego, ale w terminie 180 dni. W tym przypadku również przewidziano możliwość skrócenia terminu oczekiwania na zwrot do 60 dni, jednak po spełnieniu określonych w ustawie warunków. Jednym z nich jest złożenie zabezpieczenia majątkowego, które może być złożone w formie:

• gwarancji bankowej lub ubezpieczeniowej,
• poręczenia banku,
• weksla z poręczeniem wekslowym banku,
• czeku potwierdzonego przez krajowy bank wystawcy czeku,
• papierów wartościowych na okaziciela o określonym terminie wykupu, wyemitowanych przez Skarb Państwa lub NBP, bankowych papierów wartościowych i listów zastawnych o określonym terminie wykupu, wyemitowanych we własnym imieniu i na własny rachunek przez podmiot mogący być gwarantem lub poręczycielem zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej.